"Mas Hume não ficou livre dos ataques dos seus adversários. Em 1754, ele foi acusado de encomendar “livros indecentes” para a biblioteca, e houve uma movimentação para destituí-lo do cargo. Diante das pressões, os membros do conselho diretor cancelaram as encomendas dos livros considerados ofensivos – decisão que Hume tomou como uma ofensa pessoal. Como precisava do acervo da biblioteca para prosseguir as suas pesquisas para a História da Inglaterra, ele adiou o seu pedido de demissão, mas reverteu os pagamentos de seu salário em benefício de Thomas Blacklock – poeta cego que decidira ajudar. Antes de pedir sua demissão em 1757, Hume ainda foi alvo de um processo mal sucedido de excomunhão em 1756. (um ano após o terramoto de Lisboa)
Foi também durante o período em que exerceu a função de bibliotecário que Hume escreveu as suas duas grandes obras sobre religião: a História Natural da Religião e os Diálogos sobre Religião Natural. A primeira veio a público em 1757 como parte das Quatro Dissertações. O projeto original, no entanto, previa cinco dissertações: além da História Natural da Religião, o livro também incluiria os ensaios "Sobre as Paixões", "Sobre a Tragédia", "Sobre o Suicídio" e "Sobre a Imortalidade da Alma". Esses dois últimos ensaios eram investidas frontais contra os dogmas religiosos, pois criticavam a condenação ao suicídio e a crença na vida após a morte."
